El Mercat de les Flors neix com a teatre municipal el 1983, quan la llavors regidora de cultura, Maria Aurèlia Capmany, i l'alcalde de la ciutat, Pasqual Maragall, van impulsar la creació d'un espai escènic al Palau de l'Arquitectura, que en aquells moments estava abandonat. Amb l'estrena de 'La tragèdia de Carmen', de Peter Brook, el Mercat va iniciar l'exhibició d'espectacles de dansa de creadors internacionals i de la casa. Es va inaugurar oficialment com a teatre municipal el 1985 amb 'Mahabarata', també de Brook. La gran cúpula de 12 metres de diàmetre que governa el vestíbul del Mercat és obra de Miquel Barceló.
