La seu de Barcelona està al passeig de Santa Madrona, a l’antic Palau d’Arts Gràfiques, i mostra permanentment els vestigis arqueològics que il·lustren l'evolució de Catalunya i el seu entorn durant la prehistòria i la història antiga. Exposa relíquies gregues, fenícies, romanes i visigodes, fins l’Edat Mitjana.
També ofereix una visió de diverses cultures de la resta de la península Ibèrica i de la Mediterrània.